Secara historis, perkembangan Balai Pelatihan Kesehatan (Bapelkes) Provinsi Maluku sejak didirikan Tahun 1982 sampai sekarang mengalami beberapa kali perubahan nama sesuai dengan tuntutan dan kebutuhan pada masanya pada awal didirikannya (Tahun 1982) bernama Kursus Latihan Kesehatann Masyarakat (KLKM) pada lokasi yang sama sampai pada saat ini.

Pada tahun 1995 nama berubah menjadi Balai Pelatihan Kesehatan (Bapelkes) Provinsi Maluku selanjutnya sesuai Peraturan Daerah Maluku Nomor 03 Tahun 2007 Tanggal 12 November 2007 berubah lagi menjadi Balai Pelatihan dan Penelitian Kesehatan (BPPK) Provinsi Maluku dan pada tahun 2018 Peraturan Gubernur Maluku Nomor 64 Tahun 2018 berubah nama menjadi  Balai Pelatihan Kesehatan (Bapelkes) Provinsi Maluku sampai sekarang.